冷庫安裝后的維護保養是系統正常運行的重要環節，應根據使用說明書的要求定期對設備進行維護保養。一般而言，壓縮機、冷凝器及蒸發器的清洗周期為每半年一次;儲液罐的清洗周期一般為每三個月一次;干燥過濾器、油分離器等部件根據實際情況確定清洗時間。
制冷系統的運行狀況，直接影響著壓縮機的使用壽命和冷凍機組的可靠性，以及能耗的大小。當系統發生故障時，應采取緊急停車措施并及時排除故障后繼續運轉;若不能立即修復則應停機檢修，以免造成更大的損壞或影響生產效率。
為了制冷機組正常安全運行和維護管理工作的需要，應根據設備的技術參數設置操作溫度范圍和報警溫度范圍，如超溫報警等。在檢查過程中發現異常情況，應立即停止檢查工作并通知有關部門進行處理;對于較嚴重的問題，應及時通知進行維修處理或請修理人員進行檢查處理。
當制冷系統長時間停用時，必須將冷卻水放掉或用循環泵，將冷卻水抽出后再關閉電源開關，以防止因冰凍而損壞機組或管路。長期停用時應將系統中，所有閥門全部打開，以加速空氣或水分排出，避免產生冰堵現象而造成機組不能啟動的現象的發生。
冷庫內食品原料要堆放整齊、通風良好且防止陽光直射以減少水分含量和提高原料質量及貯藏性能。嚴禁在冷間內存放易爆物品，以防發生事故及人身財產的安全可靠 。經常觀察各儀表指示是否正常，以便及時排除問題提高運行的可靠性。
注意機房內通風情況及保持室內清潔衛生，以免灰塵堆積，影響散熱效果降低主機壽命 。禁止非指定人員進入機房內部作業，以免觸電危險及其它不安全因素出現 。
